โซนการเรียนรู้เรื่องราวลูกปัดอันดามัน มีทั้งหมด 7 โซน
โซนที่ 1 ประวัติความเป็นมาของลูกปัดโบราณ
บอกเล่าเรื่องราวความเป็นมาของลูกปัดทั่วโลก กว่า 43,000 ปี จากการเดินทางค้าขายตามเส้นทางสายไหม เข้าสู่ประเทศไทย
โซนที่ 2 ลูกปัดในประเทศไทย
หลักฐานปรากฏในอดีต ว่าประเทศไทยมีแหล่งผลิตลูกปัดทางฝั่งภาคใต้ และภาคกลาง ที่สามารถยืนยันได้ว่าประเทศไทย เป็นหนึ่งในโรงงานผลิตลูกปัดโบราณกว่า 4,000 ปีก่อน
โซนที่ 3 แฟชั่นลูกปัด
วัตถุดิบและลวดลายของลูกปัดที่หลากหลาย แสดงให้เห็นถึงแฟชั่นการแต่งกาย ที่นอกจากลูกปัดจะบ่งบอกเรื่องราวความเชื่อ ชนชั้นวรรณะแล้ว ยังบ่งบอกถึงรสนิยมการแต่งกายของผู้คนในยุคโบราณ และยังสืบเนื่องมาถึงปัจจุบันอีกด้วย
โซนที่ 4 ลูกปัดล้ำค่า
ลูกปัดบ่งบอกถึงคุณค่าทางด้านจิตใจ และมูลค่าที่แตกต่างกันออกไป ในโซนนี้จะมีลูกปัดโบราณที่มีลักษณะที่แตกต่าง และอายุกว่า 2,000 ปี ให้ได้ชมอีกด้วย
โซนที่ 5 ความเชื่อลูกปัด
ลูกแก้วเสี่ยงทายและลูกปัดจักราศี บ่งบอกถึงลักษณะของผู้คนที่เข้ามาเที่ยวชมภายในศูนย์การเรียนรู้วัฒนธรรมอันดามัน
โซนที่ 6 ห้องลูกปัดในอนาคต
คริสตัลขนาดใหญ่ที่จำลองรูปแบบระบบสุริยะจักรวาล รายล้อมไปด้วยลูกปัดรูปทรงต่างๆ ตระหง่านสวยงามภายในห้องโถงโซนที่ 6
โซนที่ 7 Thank you Zone
สิ้นสุดการชมพิพิธภัณฑ์ลูกปัดอันดามัน หวังว่าผู้ที่เข้ามาเที่ยวชมจะประทับใจและกลับมาเยือนอีกครั้งหนึ่ง